Für die verschiedenen musikalischen Veranstaltungen im Gemeindeleben stehen an der Jerusalemkirche diverse Instrumente zur Verfügung.
Orgel
Die "Königin der Instrumente" der Jerusalemkirche wurde im Jahr 1987 von der Orgelbaufirma Georg Jann aus Allkofen gebaut. Sie verfügt über 11 klingende Register auf zwei Manualen und Pedal. Für ihre liturgischen Aufgaben sind die Möglichkeiten der Orgel voll ausreichend, auch zum begrenzten konzertanten Spiel. Der heutige Standort der Orgel war vom Architekten der Jerusalemkirche eigentlich als Tauferker vorgesehen gewesen. Durch die Aufstellung der Orgel wurden deshalb die eigentlich vorhandenen farbigen Glasfenster vollends verdeckt. Zweites Manko des Aufstellungsortes ist der Platzmangel, der der Statur des Organisten und v.a. des inspizierenden Orgelbauers enge Grenzen setzt. Besonderheit der Orgel ist neben einem „Horizontalregal", einem kurzbechrigen Zungenregister, das direkt unter dem Prospekt der Labialpfeifen in den Kirchenraum ragt, die Sitzposition des Organisten in Blickrichtung zur Gemeinde.
Disposition:
I. Manual: Hauptwerk
Prinzipal 8'
Gedeckt 8'
Oktave 4'
Waldflöte 2'
Mixtur 1 1/3' 3fach
II. Manual: Positiv
Rohrflöte 8'
Blockflöte 4'
Prinzipal 2'
Quinte 1 1/3'
Regal 8'
Pedal:
Subbass 16'
Gedecktbass 8' (Verlängerung der Subbass-Pfeifenreihe)
Koppeln:
I/Pedal, II/Pedal, II/I, Tremulant (für das gesamte Werk)
Alle Koppeln und die Pedalregisterzüge sind nur als Tritte vorhanden.
Cembalo
Bei Kantatenkonzerten der Kantorei und Kammermusik jeglicher Art kommt als Continuo-Instrument neben der Orgel auch ein Cembalo der Firma Georg Zahl zum Einsatz. Das zweimanualige Instrument verfügt über zwei 8'- und ein 4'-Register, sowie über einen Lautenzug.
Klavier
Zur Gemeindebegleitung in Schul-, Kinder- und Jugendgottesdiensten, in der Seniorenarbeit und in der Probenarbeit von Kantorei und Jerusalemvokalensemble steht ein Klavier zur Verfügung, das für gewöhnlich im großen Gemeindesaal seinen Platz hat, aber verschiebbar ist.
Orff'sches Schulwerk
Das ursprünglich für den in den 70er Jahren gegründeten „Jugendspielkreis" angeschaffte Orff-Instrumentarium erfreut sich neuerdings wieder größerer Beliebtheit durch die im evang. Kindergarten in Kooperation mit der Musikschule Taufkirchen angebotene musikalische Früherziehung. Neben einer großen Zahl an Schlaginstrumenten stehen auch alle Arten von Blockflöten und etliche, einfache silberne Notenständer zur Verfügung, die auch im Bläserkreis und Jerusalemkammerorchester Verwendung finden.
PA-Anlage
Wenn die natürliche Sprech- oder Singstimme einmal nicht mehr ausreicht, um sich Gehör zu verschaffen, können die Verantwortlichen an der Jerusalemkirche auf eine moderne PA-Verstärkeranlage mit mehreren Mikrofonen zurückgreifen. Sie kommt bei Großveranstaltungen, Festen und Feiern und neuerdings v.a. im Zusammenhang mit den „Rendezvous"-Gottesdiensten zum Einsatz.